Su primer mandato como sustituyendo al Supremo Directo Interino en el período del 1 de abril al 5 de mayo de 1851 cuando el Supremo Director saliente Norberto Ramírez depositó el poder en él porque su sucesor, José Laureano Pineda Ugarte, no aceptó su elección como Supremo Director hasta ese día.
En 1803, Marcelo de los Santos Porras, cura del pueblo de Masaya, hizo constar que según los libros de bautismos y el último padrón practicado en su feligresía, se contaba con vecinos españoles aptos para el servicio público todos entre 25 y 60 años, entre ellos el Teniente Justo Abaunza quien era a la sazón Subdelegado del Partido de Nicoya.
En 1849 siendo Auditor de Guerra recibe la confidencia que le hizo, momentos antes de ser fusilado, Bernabé Somoza, alias "Siete Pañuelos", quien le contó que había dado muerte a 54 personas indefensas y pacíficas con su propia mano y que no había gusto que no se hubiera dado en este mundo.
El Cabildo de León con miembros de la Representación Nacional nombró entonces al Senador Justo Abaunza como Supremo Director interino.
Durante las negociaciones, se logró que Abaunza fuera incluido en el decreto de amnistía, pero sujeto a merced de lo que dispusiera la Asamblea Legislativa porque era senador y, por lo tanto, gozaba de inmunidad.