Siendo elegido Presidente el propio Fruto Chamorro, que asumió su nuevo cargo en 1854.

A la muerte de su padre, se puso al frente del clan familiar apoyando a su madre y hermanos paternos, los Chamorro y Alfaro.

Su hermano Pedro Joaquín Chamorro y Alfaro fue presidente de Nicaragua de 1875 a 1879; mientras que, su otro hermano Fernando Chamorro y Alfaro lo fue en 1860 (en funciones).

Frutos Chamorro Pérez proviene de una familia política y económicamente poderosa en Nicaragua.

Sus ancestros fueron: Frutos Chamorro Pérez se casó con Mercedes Avilés y tuvieron cinco hijos: Academia de Genealogía de la Diáspora Nicaragüense - Diasporanica.com