El Consejo Universitario tenía que nombrar o ratificar a los directores de varias escuelas y facultades, situación que trajo problemas principalmente por lo que respecta a la Escuela Nacional Preparatoria y la "Escuela Nacional de Medicina Veterinaria", en donde las opiniones de sus integrantes se dividieron radicalmente ocasionando finalmente la renuncia del rector Brito Foucher.
Acto seguido la Universidad se dividió en dos bandos cada uno de los cuales designó su propio rector: el denominado "Directorio" que tuvo como rector a Manuel Gual Vidal y como Secretario General al joven abogado de 32 años de edad Raúl Cervantes Ahumada; y el grupo que sostuvo como rector interino a Samuel Ramírez Moreno, quien había fungido como secretario general de la Universidad durante la administración de Brito Foucher, y que posteriormente fue sustituido por José Aguilar Álvarez.
Le transmitía y con ello le proponía tomar las medidas que había acordado en una junta él, Alfonso Caso y Eduardo García Máynez: que el presidente mediara en el conflicto y propusiera a los grupos contendientes un procedimiento universitario consistente en delegar la función arbitral en una "Junta de Avenimiento" integrada por las personas que hubiesen sido rectores durante la etapa de la autonomía universitaria con excepción del rector, Brito Foucher por encontrarse vinculado directamente en el conflicto.
La misma junta elaboró las famosas "Bases para el gobierno provisional de la institución" que daba vida a un Consejo Constituyente Universitario que a más tardar el 31 de diciembre de 1945 debería tener formulado el nuevo Estatuto que regiría la vida universitaria.
Dicha ley de 1933 no contribuiría a la "unidad nacional" avilacamachista y sí en cambio favorecería el distanciamiento entre la Universidad y el Estado, propio del cardenismo.