José Aguilar Álvarez (Ciudad de México, 1902 - 1959) fue un profesor y médico que fuera rector sustituto de la Universidad Nacional Autónoma de México.

Inició sus estudios en el Colegio Francés y los concluyó en la Escuela Nacional Preparatoria.

Fue alumno del Dr. Ignacio Prieto[1]​ y en marzo de 1923 presentó su examen profesional para obtener el título de médico cirujano.

Este Consejo, que se consideraba legítimo sucesor de un consejo legalmente constituido, nombró a José Aguilar como rector de la Universidad Nacional.

Sin embargo, cuatro días después, el Presidente de la República, Manuel Ávila Camacho, decidió pedir tanto a este rector como al rector efímero, Manuel Gual Vidal, designado por el Consejo Universitario, que renunciaran, ya que se había nombrado una junta de avenimiento (la Junta de exrectores) que asumiría el gobierno de la institución y restablecería la organización universitaria.