Participó en la Guerra soviético-afgana como paracaidista en el Ejército soviético, en el que había ingresado hacia finales de los años ochenta.

[2]​ Se radicalizó por sus experiencias en Afganistán y, después de la guerra, regresó a Namangán.

[3]​[2]​ Yoʻldosh viajó a Afganistán para establecer contactos con los talibanes y al-Qaeda pero Namangani permaneció en Tayikistán.

[2]​[4]​ En Kirguistán, secuestraron diez alpinistas, incluyendo cuatro estadounidenses, quienes fueron liberados tras unos enfrentamientos con el ejército.

[2]​ Estas incursiones fueron clave para que Estados Unidos designara al MIU como Organización terrorista extranjera el 25 de septiembre.

[4]​ A finales de 2000, Namangani fue sentenciado a muerte, junto con Yoʻldosh, por Uzbekistán tras un juicio in absentia[2]​ por sus participaciones en los atentados terroristas en Tashkent en 1999, en las que murieron 16 personas y hubo más de 120 heridos.

[4]​[5]​ Namangani se retiró a la base del MIU en Mazar-e Sarif en octubre de 2000.

[6]​ Se reporta que Namangani fue asesinado en un ataque aéreo en Afganistán en noviembre de 2001.