Atef sirvió dos años en la Fuerza Aérea de Egipto y se convirtió en un ingeniero agrícola.
Él asistió a dos reuniones a partir de agosto 11-20 en 1988, junto con Bin Laden, al-Zawahiri, Mamdouh Mahmud Salim, Jamal al-Fadl, Wael Hamza Julaidan, y Mohammed Loay Bayazid y otras ocho personas, para discutir la fundación de "al- Qaeda ".
Bin Laden más tarde envió una carta a Mohammed Loay Bayazid le informaba de que Atef y Abu al-Ubaidah Banshiri eran el uno al darse 6.500 riales saudíes mensual, el mismo que se les había dado por su trabajo en Maktab al-Khidamat.
En 1994, se negó a permitir la doble agente estadounidense Ali Mohammed saber el nombre y el pasaporte que viajaría bajo, expresando la preocupación de que Mohammed podría estar trabajando con las autoridades americanas.
Otra supuesta estudio que llevó a cabo determinó que los árabes afganos y talibanes podría juntos derrocar la dictadura de Pervez Musharraf en Pakistán, y el gobierno de Irán.
Atef supuestamente fue enviado a Somalia al menos dos veces para reunirse con los líderes tribales, una vez que tenga que escapar a bordo de un avión Cessna pequeño utilizado para el transporte de khat.
Ese año, se reunió en varias ocasiones con Bin Laden y Khalid Sheikh Mohammed en el complejo Al-Matar para discutir posibles objetivos para los ataques del 9/11.
Cerca del final del año, se reunió con Ramzi Binalshibh, Mohamed Atta y Ziad Jarrah y explicó que estarían llevando a cabo una operación altamente secreta, en cooperación con Nawaf al-Hazmi a quien nombró como Rabia al-Makki.
Siempre que al-Qaeda organizó juegos de voleibol, Atef y Bin Laden se vieron obligados a estar en equipos separados desde que eran tanto de alto, y buena players.
Ese año, se dice que el Mullah Omar han argumentado que Bin Laden no debería elaborar nuevas represalias contra Afganistán al golpear a los Estados Unidos de nuevo.
Donald Rumsfeld fue inicialmente cauteloso y sólo se indicó que los informes sobre la muerte de Atef "parecen autorizada".
El 8 de noviembre, Bin Laden emitió un elogio conjunta para Atef y Jummah Khan Namangani.
Esto llevó a la CIA para liberar un documento atar al-Qaeda en Irak en enero de 2003 , y justificar la invasión de dos meses después, lo que podría decirse que alivia un poco la presión sobre los militantes en Afganistán.