Después de una temporada con Rosario, Cortés regresó a Uruguay para unirse con el Peñarol en 1966, siendo parte del primer equipo que incluía a jugadores de calidad como Pedro Rocha, Alberto Spencer, Julio César Abbadie, Omar Caetano.
Más tarde en ese año, Cortes ayudó a derrotar al campeón español el Real Madrid y ganar la Copa Intercontinental.
Pero en un partido contra las Chivas Rayadas del Guadalajara, en una disputa por el balón entre Gabriel López Zapían defensor central rojiblanco y Julio César Cortes, sufrió fractura de tibia y peroné de la pierna derecha en una jugada que actualmente sería considerada como fuerza desmedida.
De 1962 a 1970, Cortés apareció en 30 juegos internacionales para Uruguay, anotando tres goles.
Cuatro años más tarde en México, jugaría los seis partidos completos para Uruguay, hasta semifinales, cuando perdieron y fueron eliminados por Brasil.