[1]​ El club tuvo participaciones en Liga Nacional, Primera División y Segunda División, a nivel internacional participó en la primera fase de la Concacaf Liga Campeones, en las ediciones de 2008-2009 y 2009-2010.

Es el día lunes 17 de julio de 1978, en el lugar llamado «Casino Jalapaneco» se reúnen: Humberto Rodríguez alias «Betio», Mario Escobar, Ovidio Zapata, Manuel Cañas alias «Meme», Carlos Carranza, Amabilia Grajeda, Alfonso Palma, Sergio Albino Orellana, Roberto Caceros y Nery Lucero, para conformar la Junta directiva del equipo.

También se da inicio de un personaje histórico para el Deportivo Jalapa como lo es su utilero «Héctor Lima» quien a la fecha sigue fiel al club, a este mismo se le hizo un homenaje nombrando la sala de prensa del estadio con su nombre.

En el 2002 fue totalmente renovado el Estadio Las Flores, ya que se amplió su capacidad de 5,000 a 15,000 aficionados, se le colocó alumbrado eléctrico para poder jugar de noche y se le cambió el nombre de Edilberto Bonilla por el de un político local, Mario Estrada, aunque popularmente se le sigue conociendo como el Estadio Las Flores.

Algunos jugadores históricos del club entre ellos Lito Mora, Olmeo Sagastume, Gregorio de Paz, Rafael Álvarez Corea, Juan Gilberto Echeverría, Rodolfo Panadero, Rolando Márquez, Erik Miranda, Guillermo Ragazzone, Gerber Mazariegos, Lucio Catalino da Silva, Jorge Dos Santos, Jair Rosa, Sergio Mario Piñeiro, Jorge (el chino) Benítez, Luis Alarcón, Obed Bonilla, Jorge Aníbal Vargas, Raúl Díaz Arce, Jorge Rodas, Juan Manuel Funes, Byron Lima, Jairo Cardona, Erwin Godoy, Nelson Morales, Robson Mattos de Moura, Silvio Aquino, Norberto Huezo, Ramón Fagoaga, Oscar Duarte, Venancio Zelaya, Ricardo Carreno, Christian Duran, Jorge Sumich, Fernando Gallo, Adrián Apellaniz, Pedro Ortiz, Hugo Iván Cojulun.