En una segunda ceremonia en la capital de Bulgaria, Sofía, Juana (que era hija de un padre católico y una madre ortodoxa) se casó con Boris por el rito greco-ortodoxo, lo que provocó cierto resquemor con la Iglesia Católica y con el papa Pío XI.

Consiguió reconciliarse con el papa gracias al nuncio papal, el Arzobispo Angelo Roncalli (futuro Juan XXIII).

La reina madre Juana y su hijo Simeón II permanecieron en Bulgaria hasta 1946, cuando el gobierno comunista, tras un fraudulento referéndum en que se proclamó la república, dio a la familia real 48 horas para abandonar el país.

Después de exiliarse temporalmente en Egipto, donde también se había refugiado la familia real italiana y otras dinastías europeas, la reina Juana se trasladó a España, donde fue educado su hijo, y posteriormente a Estoril, en Portugal, donde vivió el resto de su vida, exceptuando un breve regreso a Bulgaria en 1993 para visitar la tumba de su esposo Boris.

El papel de Juana fue interpretado por la actriz francesa que está casada con su sobrino nieto Manuel Filiberto, Clotilde Courau.