Posteriormente se trasladó a Salamanca para estudiar allí por trece años teología con Francisco de Vitoria, mientras ampliaba sus conocimientos de cánones, griego y hebreo.
A principios del segundo trienio fue solicitado personalmente por Carlos V en su retiro a Yuste como confesor; fue la única condición que el emperador hizo al padre general.
Regla fue nombrado testamentario del emperador, función que realizó hasta 1566.
[1][2] Regla se vio envuelto como acusador en el proceso inquisitorial del arzobispo Bartolomé Carranza antes finalizar sus trabajos como testamentario y de regresar finalmente a Santa Engracia en Zaragoza, donde fue elegido prior de nuevo un año más tarde, en 1567.
[1] Falleció en San Lorenzo del Escorial al contraer unas calenturas durante una visita, siendo enterrado allí en 1574.