Al morir el adelantado Juan Ortiz de Zárate, designó como su sucesor al que se casara con su hija, Juana Ortiz de Zárate y Yupanqui.

Sin embargo, no fue a ocupar su cargo inmediatamente, dado que fue encarcelado y perseguido por el virrey de Toledo que estaba enfurecido por no haber logrado casar a su designado con Juana Ortiz de Zárate y Yupanqui.

En su estadía en Asunción, se dedica a controlar el estado de la administración y para ello toma cuenta a los oficiales reales.

Este trabajo de preparación del terreno dio comienzo meses antes de la fundación oficial y en este tiempo se formalizaron las paces con los indios comarcanos del paraje y se individualizó el lugar para la traza definitiva de la ciudad.

[4]​ Con dicho nombramiento, el adelantado transfería a Alonso casi todos sus poderes como gobernante, lo que incluía concesión de encomiendas.

En España presentó su defensa en la corte de Madrid y después visitó a sus parientes en su villa natal.

Sin duda alguna contribuyó grandemente en el desarrollo de las regiones donde le tocó gobernar.