Procedentes del Convento de los Santos Mártires, al que pertenecía una Última Cena fechada en 1613, copia también de Céspedes, se conservan en el mismo museo los lienzos de los dominicos Santo Tomás de Aquino y San Pedro Mártir, además de una Virgen del Rosario con San Acisclo y Santa Victoria, los santos patronos de Córdoba, en los que se aprecia un tratamiento del color más evolucionado, cercano ya a lo que hará en Astorga, como se observa también en la Santa Bárbara de la catedral de Córdoba, en la que se manifiesta además un nuevo interés por el marco arquitectónico.
Concebido el de la Purísima para albergar la talla de la Inmaculada de Gregorio Fernández y encargado su ensamblaje en 1627 a Francisco Ruiz, que debía seguir las trazas de Peñalosa, la pintura historiada se reduce a las dos pequeñas tablas situadas en los extremos del banco, donde conforme a los Evangelios apócrifos se representan los anuncios del ángel a Santa Ana y a San Joaquín, y el Abrazo de San Joaquín y Santa Ana ante la Puerta Dorada en lienzo ocupando el ático.
En el ático, la Imposición de la casulla a San Ildefonso, alusión a su patrón, el obispo Alfonso Messia, probablemente retratado en el santo, guarda todavía recuerdos del lienzo del mismo asunto pintado en Córdoba para la parroquia de San Andrés.
Como escritor, consta su participación en justas poéticas, siempre de carácter sagrado, en Córdoba, y dio a la imprenta la Relación de las fiestas que celebraron en la ciudad de Astorga el obispo y su cabildo, marqués y su ciudad, en el voto y solemnidad de la Purísima Concepción, 1626, fiestas y voto que dieron lugar al retablo de la Inmaculada ya citado.
Dos días antes había hecho testamento, dejando como heredero a su hermano Gaspar de Peñalosa y Sandoval, capitán de su majestad.