Participó como consiliario durante la segunda rectoría de Miguel Carrasco (1516-1517).
Ya, en esa época, el claustro universitario estaba dividió en dos grupos: los "castellanos" y los "béticos" o "ultramontanos".
Su base poblacional la constituían pecheros de la villa, sobre todo apoyado por artesanos y comerciantes, en alianza con algunos miembros de la élite leales a la rebelión.
Sin embargo, los colegiales y profesores de la Universidad sí participaron activamente en el conflicto, incluso con luchas internas que llegaron a producir heridos, entre ellos el propio rector, que acabaron posteriormente en juicio, el 29 de abril, con la expulsión de varios miembros del bando bético.
El maestro Pedro Ciruelo fue nombrado juez árbitro por la capilla de los colegiales; dictando sentencia el 28 de agosto, que obligaba a todos los colegiales implicados a realizar un acto público de perdón mutuo por todas las faltas cometidas.