Rápidamente, Juan de Goyeneche se convirtió en un acaudalado hacendado y rico minero.

Compró abundantes tierras, casas y minas de plata.

Durante años fue la primera renta anual en importancia de Arequipa.

Entre 1808 y 1813 contribuyó con importantes remesas de dinero que enviaba a España para sufragar los crecidos gastos ocasionados por la Guerra de la Independencia Española contra los franceses.

A finales del siglo XVIII respaldó también económicamente la guerra de España contra los ingleses.