Siendo ya viejo determinó volver a España y, tras vivir en Madrid unos años, se retiró al Convento de la Vera convidado de su mayor recolección y observancia, donde enfermó por los grandes rigores y abstinencias que usaba.
Se trasladó entonces a Ciudad Real para recobrar la salud en compañía de su hermano Luis Alfonso de Estrada, pero al no lograr alivio lo llevó a Picón, de cuya villa era señor; al agravarse aún más, murió en 1570.
Llevaronle a enterrar al Convento de su patria.
Siendo novicio tradujo, y publicó más tarde, La Escalera espiritual para llegar al Cielo, de san Juan Clímaco (México: Juan Pablos, 1532).
El padre Echard dice de este libro lo siguiente: