Desde 1559 gobernó a Nassau-Dillenburg y fue descrito como "el mejor regente que Nassau haya poseído".

Durante su reinado de casi 50 años, se llevaron a cabo 70 juicios por brujería, que resultaron en 40 ejecuciones, incluidos tres suicidios; este total está muy por debajo de los gobernantes circundantes.

En 1584 Juan VI fundó la Academia Herborn como el centro espiritual del calvinismo.

Inició una "Landrettungswerk" (milicia), que se iba a extender a los países vecinos, al igual que intentaba lograr una unión política de todas las clases protestantes.

Este reembolso se acordó en 1594, pero solo pudo completarse después de 30 años.