Juan era el hijo del Duque Juan Alberto I de Mecklemburgo-Güstrow y Schwerin (1525ñ1576), y su esposa la Duquesa Ana Sofía de Prusia (1527-1591).

Fue elegido un consejo de regencia que gobernó en su nombre durante los próximos nueve años.

Inmediatamente tuvo que enfrentarse a problemas para los que no estaba bien equipado, incluyendo deudas masivas y las demandas de su tío Cristóbal de concesiones territoriales.

Después de una discusión especialmente áspera con su tío, se suicidó.

Las mujeres en cuestión eran: Katharina Wankelmuth, quien murió por efectos de la tortura, y Magdalena Rukitz, quien fue quemada en la hoguera.