Desde 1611 hasta 1621 Juan Alberto y su hermano Adolfo Federico I conjuntamente gobernó todo el ducado de Mecklemburgo.
Intentaron parecer neutrales durante la Guerra de los Treinta Años, pero secretamente apoyaron a las tropas danesas del rey Cristián IV.
En mayo de 1631, Wallenstein fue derrocado por las tropas suecas, y los hermanos regresaron.
Juan Alberto II murió en 1636 y fue enterrado en la catedral de Güstrow.
Juan Alberto II se casó tres veces.