Sin embargo, sólo tres días después, su cuñado Adolfo Federico I de Mecklemburgo-Schwerin la depuso como regente y tutora de su hijo, y asumió estos papeles él mismo.

Esto causó una amarga disputa entre Leonor María y su cuñado.

En 1637, separó a Gustavo Adolfo de su madre calvinista.

Nadie se atrevió a participar en los servicios privados calvinistas que Leonor María organizaba, y ella se quedó en su sede vidual en Neustrelitz.

De su matrimonio con Juan Alberto II, tuvo a los siguientes hijos: