En 1934 migró a Buenos Aires y pocos meses después lo siguió su hermana Eva.

Con cinco años de diferencia entre ambos, Eva y Juan Duarte mantuvieron siempre una estrecha relación.

Juan cuidaba a Eva cuando ésta era una adolescente pobre intentando abrirse camino como actriz en la gran ciudad.

[cita requerida] Juan Duarte estableció una estrecha amistad con Héctor Cámpora, conocido como Camporita, quien en 1973 sería elegido presidente de la Nación.

Juan Duarte y su inexplicable fortuna han sido relacionados con actos de corrupción y particularmente con tratativas con criminales nazis interesados en radicarse clandestinamente en la Argentina, luego de finalizada la Segunda Guerra Mundial.

Juan Duarte fue enterrado en la tumba familiar del Cementerio de la Recoleta, donde también se encuentra Evita.

En 1955, producido el golpe militar que derrocó al presidente Perón, Próspero Germán Fernández Alvariño, conocido como el "Capitán Gandhi", uno de los jefes de los grupos parapoliciales antiperonistas llamados comandos civiles, exhumó el cuerpo de Juan Duarte, le cortó la cabeza y la mostraba en su oficina a los visitantes, afirmando que había sido asesinado.