Una provisión real de 1697 le nombró gobernador de Huancavelica, pero el virrey Melchor Portocarrero lo dejó sin efecto al considerar que su reconocida probidad era más necesaria en la Audiencia.

El gobierno provisorio de la Audiencia Gobernadora de Lima, presidida por Juan Peñalosa y Benavides, se prolongó durante un año y nueve meses.

Eran los años en los que, al otro lado del mundo, en suelo europeo, se producía la Guerra de la sucesión española y se gestaba una nueva era para las colonias hispanoamericanas.

Francia y España se hallaban entonces regidas por la misma dinastía, la Borbónica, motivo del conflicto con las otras potencias europeas, y los buques franceses llegaban a las costas de América hispana dispuestos a comerciar.

Este problema trajo serio malestar al nuevo Virrey, que sería acusado de estar involucrado en el contrabando.