Al advenir la reconquista española, fue perseguido por Pablo Morillo, quien lo llamó “el Cura Hereje”.
Entonces se escondió durante algún tiempo, pero luego fue descubierto y condenado a destierro en África en 1816.
Escapó de su prisión, regresó disfrazado al país y continuó oculto hasta que se consumó la independencia, en 1819.
Al advenir la era republicana, Azuero ocupó curules en el Senado y en la Cámara de Representantes.
Cuando se estableció la masonería en Bogotá en 1821 con la llamada logia masónica Libertad de Colombia N.º 1, rebautizada luego como Fraternidad Bogotana N.º 1, Azuero ingresó a ella, al igual que muchos otros sacerdotes partidarios de la Independencia y el republicanismo contra las jerarquías eclesiásticas que continuaban siendo monárquicas y españolas.