Este seminario hacía parte del tradicional Colegio San Bartolomé.

En 1851 las instalaciones del Seminario fueron utilizadas por el gobierno como cuartel militar, pero se reabrió en 1855.

En 1946, Ismael Perdomo Borrero[2]​ hizo construir nuevas instalaciones en la antigua Hacienda El Chicó.

Actualmente el Seminario Mayor está ubicado en la sede construida por el arquitecto José María Montoya Valenzuela entre 1943 y 1946, en tiempos del arzobispo Ismael Perdomo y en un predio donado por Enrique Pérez Hoyos y Mercedes Sierra de Pérez, en los cerros orientales a la altura del barrio El Chicó.

Y la etapa de Configuración (Teológico) comprende cuatro años y medio en los que se forman los conocimientos más fundamentales para el futuro sacerdote, durante esta etapa el candidato recibe las órdenes menores establecidas por la iglesia (admisión a las órdenes sagradas, lectorado y acolitado) en diferentes años durante el proceso, para luego recibir el Diaconado (por lo general medio año antes de terminar estudios) y así poder recibir el Presbiterado.