Sus principales intereses ornitológicos estarían en las áreas de la biogeografía, la evolución y la conservación.

Uno de sus mayores intereses radicó en encontrar especies raras y perdidas para la ciencia, como la diadema (Catamblyrhynchus diadema), el atajacaminos lira (Uropsalis lyra) y otras tantas especies poco conocidas del Noroeste argentino y aves consideradas extintas como la gallineta chica (Rallus antarcticus) encontrada en los bañados de Santa Cruz y Chile, la población del atajacaminos ala blanca (Caprimulgus candicans), escondida durante siglos en el cerrado paraguayo y el redescubrimiento de la esquiva maria-catarinense (Hemitriccus kaempferi) en el sur de Brasil.

La mayoría de su investigación fue realizada en Brasil (23 publicaciones), Argentina (19) y Paraguay (10).

Los tópicos preferidos fueron: i) biogeografía y distribución aviaria (17 publicaciones); ii) biología reproductiva e historia natural (9); iii) nuevos registros nacionales para Argentina, Brasil, o Paraguay (8); iv) taxonomía, incluyendo la descripción de especies nuevas para la ciencia (7); v) conservación (5), y vi) redescubrimientos de especies que se pensaban extintas o perdidas para la ciencia (4).

The legacy of Juan Mazar Barnett (1975–2012) to Neotropical ornithology.

En su homenaje, han sido creados dos premios a la investigación ornitológica:[3]​ Juan Mazar Barnett es homenajeado en el nombre científico del género de aves Mazaria y de la nueva especie Cichlocolaptes mazarbarnetti Mazar Barnett (post-mortem) & Buzzetti, 2014.