También desarrolló una ascendente carrera judicial, la que lo llevó a presidir el poder respectivo.

En múltiples ocasiones cuando el atentado iba dirigido a él, otras resultaban siendo las víctimas fatales y además que estos actos violentos siempre se desarrollaron durante las visitas partidarias que hacía Frutos al interior de la república.

Durante los sucesivos regímenes liberales fue objeto de persecuciones por resguardar en su residencia a colorados opositores al régimen lo que además le valió estancia en la cárcel y exilios.

En aquella época el Poder Judicial estaba integrado por afiliados colorados como Salvador Fernández, Gregorio Morales, Ángel Medina, Isidro Ramírez, Hermenegildo Olmedo y Juan Manuel Frutos.

Posterior a la revolución, Frutos se embarca hacia Buenos Aires en compañía de Juan A. Pecci y Aniceto Benítez en donde se reúne con el presidente del Partido Colorado, Bernardino Caballero y el expresidente Juan A. Escurra.

El encargado de las fuerzas revolucionarias del norte era el expresidente Juan Antonio Escurra quien debía acudir junto a los insurgentes (Cayo Romero Pereira, Eduardo López Moreira, Virgilio Silveira, Marcos Amarilla y otros) ya instalados en la zona de Porto Murtinho a la espera del jefe de modo a iniciar la incursión hacia la capital.

Esta acción posibilitó que el gobierno sea alertado y combatir a las fuerzas con mayor tiempo.

El 15 de enero de 1912 se suscita una revolución que obliga al presidente Liberato Rojas a huir a Corrientes, instalándose así un triunvirato integrado por Mario Uscher, Marcos Caballero Codas y el comandante Aponte, dicho triunvirato asumió el 15 de enero del mismo año, generando así un tenso ambiente que enfrentó a las fuerzas contra revolucionarias comandadas por el colorado Cayo Romero Pereira y varios colorados.

En aquel momento Frutos se encontraba en las Cordilleras acudiendo a su vez con batallones de Piribebuy y Caacupé.

Posterior a la restitución del gobierno de Rojas, se generan nuevas revoluciones al interior del Partido Liberal que ya de por sí debilitó al gobierno de entonces, además de que el gobierno comenzó a hostigar a huestes coloradas, por lo que la alianza colorado-rojista terminó con los colorados sublevados y dirigidos por Cayo Romero Pereira, Hermenegildo Olmedo, Gregorio Morales, Tomás Romero Pereira y el Dr.

Ya instalado el gobierno colorado, Frutos es designado como delegado civil y militar del interior de la república.

Pero Frutos sabía que necesitaba el control de las tropas al mando de Plácido Jara, dichas tropas se encontraban acuarteladas en la escuela local desde donde los oficiales eran llamados uno por uno por el mismo Jara.

Entre los oficiales llamados se encontraba el teniente Duarte, comandante de dichas tropas, a quien Frutos ordenó que enviase una esquela comunicándole al oficial de guardia, el teniente Alonso, que debía presentarse ante Frutos.

Frutos, revólver en mano, acompañara al teniente Duarte amenazándolo en caso de que se rebelara.

Obtuvo el doctorado en 1912 y su tesis en dicha ocasión fue sobre “Del interdicto de retener la posesión”.

Trabajó como periodista en “General Caballero” donde ejerció el cargo de director a fines de 1913 hasta 1916, en enero de 1913 debe partir al exilio debido al golpe cuartelero que buscaba el derrocamiento del presidente Eduardo Schaerer, controlada la refriega, Frutos regresa al Paraguay para trabajar en el periódico con periodistas como Enrique Solano López, Juan E. O´Leary, Juan Natalicio González, Leopoldo Ramos Giménez y Manuel Ortiz Guerrero.

En 1910 fueron desarrolladas las elecciones municipales a nivel país, elecciones en las que Frutos participó respaldando las candidaturas por los distritos de San Roque y Trinidad de Antonio Vasconsellos y Jaime Martínez Pimienta.

No obstante, dichas elecciones fueron anuladas debido a que la jornada electoral culminó con actos de violencia en los diferentes centros de votación a nivel país por lo que Frutos debió partir momentáneamente al exilio.

Durante el efímero mandato del Doctor Pedro P. Peña se lo designó delegado civil y militar en la campaña.

Fue secretario de la Comisión Directiva y miembro del Comité Ejecutivo por diversos períodos.

Realizó campañas políticas en las zonas de Quiindy y Carapeguá, a su vez en la segunda ciudad representó al Partido Colorado en sucesivas elecciones, en donde constantemente eran sojuzgados por huestes liberales en las mesas de votación.

En cuanto a su tarea legislativa bastará indicar que ella fue cumplida en el Senado en dos ocasiones: 1917 y 1929.

Dicha comisión que le había solicitado su dimisión estaba integrada por propios correligionarios Rigoberto Caballero, Fabio Da Silva, Evaristo Méndez Paiva, Osvaldo Chaves, Roberto L. Petit y Guillermo Enciso Velloso.

La administración de Alfredo Stroessner decidió decretar duelo nacional, por lo que el pabellón patrio ondearía a media asta en edificios de dependencia pública, establecimientos militares y buques pertenecientes a la Marina.

En su homenaje, una ciudad del departamento de Caaguazú lleva por denominación doctor Juan Manuel Frutos, ex pastoreo.