Al año siguiente en 1768, estando en Charcas y cumpliendo con la obediencia que había jurado al ordenarse, se presentó ante el arzobispo Pedro Miguel de Argandoña con el fin de solicitarle la correspondiente autorización para volver y cumplir con sus deberes de religioso.

Ante esto Godoy vuelve a huir, pero es capturado y embarcado en Arica, para ser deportado a Imola en Italia en 1769.

Durante este tiempo usó el falso nombre de Anger y mantuvo contacto con su hermano de congregación Juan Pablo Vizcardo y Guzmán.

El arzobispo Antonio Caballero y Góngora, entonces virrey de Nueva Granada, con la ayuda de provocadores logró que Godoy, creyendo que se preparaba una revuelta en Cartagena, regresara al territorio español, donde lo entregó al tribunal de la Inquisición de Cartagena para que lo reprimiera.

Después de someterlo a interrogatorios y torturas durante más de un año fue deportado a Cádiz (en 1787) y recluido en la fortaleza de Santa Catalina, donde murió.