En 1881 ingresó a la Universidad de Navarra y fue ordenado sacerdote en 1883.En 1886 terminó los estudios en ciencias físico-químicas.
En Salamanca fundó la "Academia Científico-Apologética de Santo Tomás".
[5] Contribuyó a la restauración de los estudios místicos en España a comienzos del siglo XX y difundió muchas ideas sobre la mística, la santidad y la perfección que influyeron después en el concilio Vaticano II[cita requerida].
Definió sus tesis sobre la evolución de las especies en su obra de ocho volúmenes (solo se publicó el primero)[6] titulada "La evolución y la filosofía cristiana", en la que defiende que hay dos tipos de especies, "una especie inmutable cuya creación correspondía solo a Dios, y otra especie, la especie orgánica, que se derivaba de la primera y que gracias a los accidentes que explicaba la evolución científica, iba creando variedades como los géneros o las razas.
Para Arintero, había un orden divino que siempre prevalecía, y luego un juego de cambios menores".