Actualmente juega en Primera Regional de fútbol sala, en el CFS Intercity Crevillent.
Fue formado en las categorías inferiores del Real Madrid con quien llegó a debutar en Primera División.
En el Atlético siempre se destacó no solo por ser un gran jugador, sino por su calidad humana.
Juanfran se formó en las categorías inferiores del Kelme CF, desde donde pasó a la cadena filial del Real Madrid, llegando a jugar con el primer equipo en Primera División el 24 de enero de 2004 ante el Villarreal CF.
El gol tuvo un sabor especial pues se lo dedicó a su padre que había fallecido unas semanas antes.
Hasta esa temporada Juanfran había jugado siempre principalmente como centrocampista por la banda derecha.
Tal acontecimiento se produjo en la victoria por uno a dos ante el Athletic Club que mantuvo al equipo en la cabeza de la Liga en solitario.
Juanfran continuó siendo el lateral derecho titular y contribuyó a que el club fuera el menos goleado de la competición y a que Thibaut Courtois conquistara su segundo Trofeo Zamora consecutivo.
Gracias a sus buenas actuaciones fue elegido por LaLiga en el once ideal[12] de la Liga.
Juanfran disputó el partido completo incluyendo la prórroga a la que se llegó tras marcar Sergio Ramos en el descuento.
Tras la vuelta del Mundial Juanfran renovó su contrato[14] hasta 2018 con el Atlético de Madrid.
Mientras tanto, en Liga, Juanfran volvió a ser indiscutible en el lateral derecho, jugando 35 partidos y anotando un gol, además de repartir otra asistencia.
Posteriormente la FIFA decidió invalidar el partido debido a un problema con la nacionalidad del árbitro y no tenerlo en cuenta para sus estadísticas aunque sí lo hace la Federación Española.