Gracias a esos años, el Valencia C. F. puso su punto de mira en él y allí jugó durante dos temporadas, ganando una Copa del Rey en 1999.
[2] Este descenso hizo que Juanfran emigrase a la Superliga de Turquía, más concretamente al Beşiktaş, de la mano del entrenador Vicente del Bosque.
[7] A sus 34 años, Juanfran regresaba a club que le abrió las puertas al fútbol profesional,[7] tal como hizo su excompañero en el Levante Sergio Martínez Ballesteros una temporada antes.
[8] Juanfran y su Levante U. D., en su primera temporada en Europa, consiguieron llegar hasta los octavos de final de la Europa League donde son eliminados por el Rubin Kazan ruso en su primera participación en competición europea.
[11] Finalmente consiguió la salvación al conseguir cuatro victorias y dos empates cuando se hizo cargo del equipo.