Durante la Reconquista fue trasladado a Santiago a servir también como asesor letrado del gobernador Casimiro Marcó del Pont, posición en que se encontraba cuando ocurrió la batalla de Chacabuco.

Tras la victoria patriota en Chacabuco, se dirigió a Lima, donde ejercería la abogacía y fue secretario del virrey.

Para esa época ya había abandonado las ideas realistas, prometiéndose servir lealmente a su patria.

El último rector de la extinta universidad fue monseñor Juan Francisco Meneses, quien ejerció en dicho posición desde 1830.

[1]​ Durante el período conocido como Organización de la República, fue el principal representante del clero disconforme con el nuevo orden republicano, supliendo al desterrado obispo José Santiago Rodríguez Zorrilla como figura pública de este sector.