Debido al abandono durante su infancia, siempre fue débil y enfermizo.

Debido a que era menor de edad, él y sus posesiones se pusieron bajo la guarda y regencia de su hermano mayor, Juan Federico II hasta 1557.

Sin embargo, llegó a un acuerdo con su hermano mayor, que administraría el infantazgo durante cuatro años.

Juan Federico III murió soltero y sin hijos, en 1565, a los 27 años de edad.

Debido a su personalidad, raramente actuó en solitario, y normalmente sus hermanos lo representaron.