Tras ser detenido en su casa por milicianos de la Federación Anarquista Ibérica, fue llevado a Álora, donde fue sometido durante días a torturas y humillaciones con el propósito de que blasfemara.
A unos diez metros del puente de la carretera lo tumbaron en el suelo y con un machete lo abrieron en canal de abajo a arriba, le llenaron de gasolina el vientre y el estómago y luego le prendieron fuego.
Durante este último tormento, Juan Duarte sólo decía: "Yo os perdono y pido que Dios os perdone... ¡Viva Cristo Rey!".
Y acto seguido, le descargó su pistola en la cabeza.
[2] Su cadáver, enterrado en el lugar del martirio, exhumado en 1937 y trasladado al cementerio de Yunquera, lugar en el que permaneció hasta su traslado a la iglesia parroquial, donde encuentra en la actualidad.