Fue desterrado al Ecuador por orden del protector Andrés de Santa Cruz.

Actuó luego en la campaña contra el movimiento regenerador encabezado por el coronel Manuel Ignacio de Vivanco en 1841.

Enseguida se destacó en la lucha contra la invasión boliviana del sur peruano al frente de una guerrilla que organizó en la Tarapacá (1842).

[2]​ Participó en la Revolución Liberal de 1854 bajo las órdenes del mariscal Ramón Castilla y luchó en la batalla de La Palma (1855), que puso fin al gobierno del general José Rufino Echenique.

[2]​ En 1865 se sumó a la revolución nacionalista del coronel Mariano Ignacio Prado contra el gobierno de Juan Antonio Pezet, acusado de mostrar debilidad ante España y su Escuadra del Pacífico.

Según parece, esta decisión fue forzada por el Ejecutivo ante la necesidad de renovar el gabinete ministerial, ya muy desgastado, al acercarse la reapertura del Congreso, con el que tenía una relación muy conflictiva.

Pese a su edad, mostró ser muy proactivo en sus funciones militares apenas asumió el cargo.

Sumariado, se le depuso del mando sin Consejo de guerra.

No volvió a obtener mandos importantes en el resto de la guerra pese a sus esfuerzos y ruegos en tal sentido al contralmirante AP Lizardo Montero Flores, quien lo hizo víctima de nuevas humillaciones y desprecios.

Pese a ello, Buendía siempre reconoció a Montero como el legítimo presidente del Perú, aunque era amigo de Miguel Iglesias, el cual fuera presidente reconocido por los chilenos luego del destierro de Francisco García Calderón.

A lo largo de los sucesivos gobiernos de la Reconstrucción Nacional, insistió en que se le continuase el juicio suspendido en 1880, pero ello nunca ocurrió, hasta que en 1891, el Congreso suspendió definitivamente todos los juicios seguidos con relación a la guerra con Chile.