Se unió posteriormente al movimiento autonomista de 1811 y participó en la Batalla del Cerrito en 1812.

Integró luego el grupo de los Caballeros Orientales que trabajó contra la dominación portuguesa y a favor de la incorporación a la Argentina en 1822 y 1823.

Fue diputado por Montevideo entre 1830 y 1834 integrando la 1.ª legislatura de la joven república.

Cuando Oribe fue expulsado del poder por un levantamiento dirigido por Fructuoso Rivera, con apoyo de la flota francesa del Almirante Leblanc, Juan Benito Blanco acompañó al presidente depuesto a su exilio a Buenos Aires.

Retornaría posteriormente a su ciudad natal, donde fallecería en 1843, apenas comenzado el sitio a la ciudad de Montevideo por el ejército de la Confederación Argentina comandado por Manuel Oribe durante la Guerra Grande.