Fray Juan Bautista de Mollinedo nació en 1557 en Portugalete, España.
Se trasladó de joven a la Nueva España donde ingresó en la orden franciscana en el convento de Acámbaro.
En 1607, junto con fray Juan de Cárdenas, visitó los parajes de Río Verde, Valle de Concá, Gamotes, Lagunillas, Pinihuan, Tula y Jaumave.
En 1612 obtuvo una cédula real para fundar misiones en esta región y recibió el cargo de comisario.
Tiempo después partió a España para tratar la controversia entre el Arzobispado de México y las órdenes religiosas de agustinos, dominicos y franciscanos.