[1] En mayo de 1863, siendo subjefe de Estado Mayor general, es enviado a Zulia por Juan Crisóstomo Falcón.
Entre junio y agosto de 1868, durante la Revolución Azul, Bautista acompaña a Manuel Ezequiel Brazual en el asedio de Puerto Cabello, y al ser tomada la plaza por las tropas azules al mando de José Ruperto Monagas, huye a Curazao.
El 22 de febrero Guzmán Blanco nombra a Bautista como secretario general y entre marzo y abril participa en las batallas de Lara y Yaracuy.
En 1873 es incluido en la nómina de pensionados, pero no recibe el pago que tiene asignado y se distancia de Guzmán Blanco.
En diciembre de 1874 es exiliado; en junio de 1877 regresa a Venezuela debido a la amnistía general decretada por el presidente Francisco Linares Alcántara, pero en febrero de 1879 se vuelve a expatriar voluntariamente después de la entrada a Caracas y el triunfo de la Revolución Reinvindicadora.