Al comienzo de la guerra civil española, Barandiarán se refugió en el País Vasco francés, donde continuó su trabajo.Regresó a España en 1953, donde fue adquiriendo mayor prestigio con el paso de las décadas.Así se formó el equipo de investigación prehistórica Aranzadi-Barandiarán-Eguren, responsables de muchas prospecciones, excavaciones e investigaciones llevadas a cabo durante los veinte años siguientes, hasta 1936, fecha en la que el comienzo de la guerra civil española los dispersó y no se volvieron a ver.En 1922 y en compañía del profesor Aranzadi realiza una gira por Europa, visitando diversos museos e instituciones.Al comienzo de la Guerra Civil, Barandiarán se exilió en el País Vasco francés, donde continuó sus investigaciones.[6] En 1946 crea el Institut Basque de Recherches, denominado Ikuska, y comienza a editar un boletín del mismo nombre con las investigaciones realizadas.Durante el periodo 1946 a 1950, participa intensamente en congresos internacionales: Londres y Oxford (1946).Estos yacimientos se transformaron a la vez en escuelas de campo, donde jóvenes prehistoriadores, que terminaban entonces sus carreras universitarias (Jesus Altuna, J.M.Exploraciones en los yacimientos de Lezetxiki, Aitzbitarte, Kurtzia, Atxeta, Urtiaga, Axlor, Ekain, entre otros.Ese mismo año fue él quien inició en trabajos de investigación al historiador Joseba Agirreazkuenaga, en un proyecto sobre etnografia en Busturia.En Navarra tiene una plaza en Pamplona y una calle en el vecino pueblo de Orcoyen.
