Posteriormente le tocó servir en la ocupación de Holanda, sin embargo, su carrera se truncó debido a su asociación con Pichegru y Moreau.Al año siguiente, dirigió una división en Lützen y un cuerpo en Leipzig.[1][2] Cuando el comandante del ejército, Jean-Charles Pichegru, cayó enfermo, Souham asumió el mando del ejército y consiguió una victoria en la batalla de Tourcoing, en mayo de 1794.Tras esta batalla, en la cual había sufrido una grave herida, fue nombrado conde del imperio.En 1813, tomó el mando de la primera división en el 3.º Cuerpo del mariscal Michel Ney.[2] Después de la caída del Primer Imperio abandonó al emperador y, habiendo sufrido por la causa realista, fue bien recibido por Luis XVIII, quien le dio altos mandos.