Su fama de mujeriego comenzó en México, en donde era conocido como “Handsome captain” (“el capitán guapo”).

[2]​ Tras la guerra sirvió como asistente del general adjunto de la Pacific División, pero renunció a su cargo en 1853; su reputación fue dañada cuando testificó contra su superior, general Scott, en el juicio militar por insubordinación de Gideon Pillow.

Hooker estaba descontento e insatisfecho con su vida civil, y por ello en 1858 escribió al Secretario de la Guerra John B. Floyd para solicitar que su nombre fuera presentado al presidente Buchanan para que fuese ascendido a teniente coronel; no recibió respuesta.

[3]​ Al comienzo de la guerra Hooker solicitó un mando, pero su primera solicitud fue rechazada, muy posiblemente por el enconado resentimiento que hacia el sentía Winfield Scott, general en jefe del Ejército de la Unión.

Tuvo que pedir prestado dinero para viajar al este del país desde California.

Hooker dijo que la batalla podría haber sido una victoria decisiva de la Unión si él hubiera continuado en la batalla, pero que la habitual cautela de McClellan una vez más fue nefasta para las tropas del Norte, y que el mucho más pequeño ejército de Lee evitó por ello su destrucción.

Burnside planeó una sistemática depuración de sus subordinados, incluyendo a Hooker, y preparó dicho documento esperando el visto bueno del presidente.

Durante la “Marcha del Barro” fue citado por un corresponsal de guerra del New York Times diciendo que “nada irá bien hasta que haya un dictador, y cuanto más pronto, mejor.

Tanto la “Gran División Izquierda”, mandada por el general de división –mayor general- William B. Franklin, que juró que nunca serviría bajo las órdenes de Hooker, y el III Cuerpo mandado por el general de división –mayor general-Edwin Vose Sumner fueron relevados del mando, por recomendación de Burnside, en la misma orden que nombraba a Hooker para el mando.

El Ejército del Potomac tuvo entonces que adoptar una postura defensiva y finalmente retirarse tras el río Rappahannock La batalla de Chancellorsville ha sido llamada la “batalla perfecta de Lee” debido a su habilidad para derrotar a un ejército enemigo superior con tácticas atrevidas.

Mientras estaba en el porche de su Cuartel General, la bala impactó en una columna de madera sobre la que estaba apoyado, golpeándole y dejándole sin sentido por unos minutos y sin poder moverse por el resto del día.

A pesar de su incapacitación, se negó a los ruegos que le pedían que dejara el mando del ejército temporalmente al segundo jefe, el general de división —mayor general— Darius N. Couch.

Couch estaba tan irritado que rechazó volver a servir bajo Hooker.

Las intrigas políticas se sucedieron en las siguientes semanas mientras los generales maniobraban para deponer a Hooker o para sustituirlo si Lincoln decidía destituirle.

Cuando Hooker tuvo una discusión con el Cuartel General del Ejército sobre las fuerzas que defendían Harpers Ferry, de forma impulsiva solicitó su destitución en protesta, la cual fue rápidamente aceptada por Lincoln y el General en Jefe Henry W. Halleck.

Volvió a ganar reputación de buen comandante cuando fue transferido con los Cuerpos XI y XII del Ejército del Potomac hacia el oeste para reforzar al Ejército de Cumberland en Chattanooga, Tennessee.

Al parecer el mismo Lincoln intentó convencer a Sherman de que debía de elegir a Hooker como jefe del Ejército del Tennessee, pero Sherman amenazó con renunciar a su cargo si el presidente insistía, pero esto no ha podido ser demostrado con fuentes primarias del Records of the American Civil War.

Tras la guerra empeoró la salud de Hooker, y sufrió parálisis parcial por un golpe.

Murió en una visita a Garden City, New York, y está enterrado en el cementerio de Spring Grove, Cincinnati, Ohio.

"[12]​ Cuando una crónica periodística llegó a Nueva York durante la Campaña de la Península, un error tipográfico modificó la galera "Fighting — Joe Hooker Attacks Rebels" eliminando el guion, quedando así el apodo.

Sus hombres parodiaban a Hooker en la popular canción de guerra Marching Along.

[20]​ La leyenda de Hooker pudo sin embargo servir para popularizar dicho término.