McPherson estaba en el personal del General de Henry Halleck y más tarde, de Ulysses S. Grant y estuvo con Grant en la Batalla de Shiloh .
Fue el segundo oficial de la Unión de más alto rango muerto en acción durante la guerra.
[1] Asistió a la Academia Norwalk en Norwalk, Ohio,[2] y se graduó de la Academia Militar de los Estados Unidos en West Point en 1853, primero en su clase,[3] que incluía a Philip H. Sheridan, John M. Schofield y John Bell Hood: Hood se opondría a él más tarde en el Western Theatre.
Designaron a McPherson directamente al cuerpo de ingenieros con la fila de segundo teniente del brevet .
Durante un año después de su graduación, fue Instructor Asistente de Ingeniería práctica en la Academia Militar, un puesto nunca antes otorgado a un oficial tan joven.