Realizó un entrenamiento especial en Gran Bretaña y fue destinado al grupo SILVER A, con el que saltó en paracaídas la noche del 29/30 de diciembre de 1941 en el territorio del protectorado.

En 1941 se ofreció voluntariamente para realizar misiones en la Checoslovaquia ocupada, lo que lo llevó a cursos especiales de preparación.

Josef Valcík participó en la preparación y ejecución del asesinato de Reinhard Heydrich en la Operación Antropoide junto con otros seis checoslovacos.

La descripción (incluía la foto) ya es más precisa: "aproximadamente 1 m 65 cm de altura, cabello rubio peinado hacia atrás, cara redonda, ojos azules, nariz normal".

Pegaron Carteles blancos junto con Carteles rojos de la misma fecha, bajo los cuales está firmado por KH Frank, el alto líder de las SS y la policía en el Protectorado del Reich en Bohemia.

Estaba equipado con documentos del Protectorado bajo el nombre en clave Emil Sedlák.

Entonces Valčik fue a pie hasta Mikulovice, donde un trabajador llamado Adolf Švadlenka le ayudó.

Estos documentos fueron entregados a Alfred Bartoš por el sacerdote František Dobiáš (1901–1985) en su rectoría en Semtěš.

Al mismo tiempo, se les otorgó la Cruz de Guerra Checoslovaca por su valentía ante el enemigo.

Josef Valčík se estableció brevemente en el hotel de primera clase Hotel Veselka en Pardubice, Hlaváčova 230, cuyo propietario, Arnošt Košťál, asumió el riesgo de emplearlo con documentos falsificados como camarero auxiliar.

También fue varias veces a la región de Vysočina, donde intentó contactar con el equipo Silver B.

Los oficiales visitaron el Hotel Veselka en Pardubice, pero no encontraron a Valčik allí.

En Valašské Klobouky conoció al capellán local František Borák (1910–1975), quien se convirtió en un importante asistente y confesor.

Casi todos los días viajaba en bicicleta con Kubiš y Gabčík a la mansión en Panenské Břežany buscando un lugar adecuado para el atentado.

[8]​ Pasó varios días después del atentado con la familia Sulka en Dejvice, donde había vivido desde principios de mayo, en la calle Špinkovy, en la calle Biskupcova N° 7 y una noche en casa de Vladimír Tichota.

[9]​Al día siguiente del atentado, además de las órdenes de ley marcial, aparecieron carteles en las calles exigiendo la captura del suboficial Josef Valčík, aunque no lo mencionaban directamente en relación con el atentado.

Este hombre es descrito de la siguiente manera: "Alto, aproximadamente 1 metro 65 centímetros, con cabello rubio a rubio claro peinado hacia atrás, que cae un poco hacia un lado en el lado derecho, creando la impresión de un pequeño copete.

Rostro redondo y lleno, de color saludable rojizo, piel limpia (sin granos), afeitado completamente.

Sin embargo, esto no ocurrió, ya que el miembro del grupo de sabotaje Out Distance, Karel Čurda, se entregó voluntariamente a la Gestapo y delató a los perpetradores que conocía.

Los cuatro restantes, Valčik, Gabčík, Švarc y Hrubý, se defendieron en la cripta de la iglesia.

Póstumamente, el suboficial Josef Valčík fue galardonado por su patria por su participación en la misión de comando.

Estaba discutiendo toda la situación con los Valčík cuando un coche de policía frenó frente a la casa.

El hijo y sus tres hermanos fueron adoptados, quedando un total de quince huérfanos tras las ejecuciones.

En su ciudad natal de Smolina, hay un monumento dedicado a Josef Valčík y sus seres queridos.