A los trece años volvió definitivamente a Santiago, pues su progenitor perdió el uso de las piernas y no podía moverse de su sillón, e ingresó al curso de Humanidades del Instituto Nacional General José Miguel Carrera, dirigido entonces por el gran historiador Diego Barros Arana.

Se trasladó al norte para ofrecer sus servicios a su país durante la Guerra del Pacífico.

Por encargo del gobierno, creó el archivo histórico Capitanía General, con los registros de la época colonial, hasta entonces guardados en una bodega.

Por esa época también contrajo matrimonio con Mercedes Ibáñez, hija del ministro que lo había ayudado en sus primeros momentos.

Tras la revolución de 1891 en la cual fue abiertamente partidario del derrotado presidente José Manuel Balmaceda, se vio privado del apoyo estatal, debió interrumpir la publicación y se trasladó a la Argentina.

La hospitalidad de Moreno le permitió realizar un tercer viaje a Europa.

La situación en Chile le permitió volver en 1895 y reanudar la publicación de sus colecciones.