Parte del municipio se encuentra en el parque nacional Cumbres de Monterrey.El territorio del municipio de Santiago es sumamente accidentado por estar ubicado en las zonas más elevadas de la Sierra Madre Oriental en Nuevo León.La altitud del municipio va desde los 3,500 hasta los 300 metros sobre el nivel mar, la única parte del territorio municipal que no es montañosa es un angosto valle ubicado al noreste del municipio y en la cual se ubica la cabecera municipal.[6] En el municipio de Santiago nacen dos de los principales ríos de Nuevo León: el río Santa Catarina y el río San Juan, el río Santa Catarina nace en la zona central del territorio y tras recibir otros causes menores fluye hacia el norte hacia el municipio de Santa Catarina a través del Cañón de La Huasteca, el río San Juan nace en las estribaciones de la Sierra en el sector este del municipio, desciende hacia la cabecera municipal a la que cruza y es represado por la Presa de La Boca o Rodrigo Gómez, posteriormente continúa en dirección este hacia el municipio de Cadereyta Jiménez.[8] En 2006, la cabecera municipal, Santiago, fue nombrada como Pueblo Mágico por la Secretaría de Turismo (SECTUR).
