Luego se volvió un opositor, debido al rumbo procomunista del gobierno.

[2]​ Una vez triunfante la guerrilla dirigida por Fidel Castro que obligó a Fulgencio Batista a huir a Santo Domingo el 1 de enero de 1959, José Miró Cardona asumió el 5 de enero como nuevo primer ministro del gobierno revolucionario, encabezado por el presidente Manuel Urrutia Lleó.

Allí se convirtió en líder del Consejo Revolucionario Cubano, principal grupo de exiliados cubanos con el que trabajó la CIA para organizar la invasión a Cuba en bahía de Cochinos, en 1961, finalmente fracasada.

Seis días antes de la invasión el New York Times publicó la proclama llamando a la insurrección del Consejo Revolucionario Cubano firmada por Miró Cardona que dice en su parte final:

Miró Cardona cuestionó duramente al gobierno norteamericano de John F. Kennedy por el fracaso de la invasión, sosteniendo que había prometido intervenir con tropas propias y que finalmente no lo hizo dejando a los cubanos aislados.