De allí regresó a Buenos Aires en 1812 en la fragata "George Canning", junto con San Martín y Alvear.
Cuando llegaron, en 1812, Zapiola se presentó de inmediato, junto con ellos, ante el Primer Triunvirato.
Tras esto, quedó como segundo jefe de la guarnición en esa ciudad; al año siguiente hizo, con Manuel Dorrego, una campaña contra Artigas.
En esta última batalla tuvo una actuación descollante, dirigiendo la mitad de la caballería patriota.
En especial — gracias a haber alcanzado una edad avanzada — fue el único testigo que dejó datos precisos sobre la Logia Lautaro, sus miembros y sus intenciones.
Había casado en 1815 con María Belén Álvarez de Baragaña Núñez, con quien tuvo 9 hijos.