En 1851 se incorporó a la Comisión Corográfica como jefe de botánica, labor en la que se desempeñó hasta 1857 y que le permitió recopilar un extenso herbario de 2200 plantas.

Sus dos hermanas Liboria y Clotilde estuvieron casadas con el educador Lorenzo María Lleras.

Luego en segunas nupcias se unió a su cuñada Clotilde, con quien tuvo a Martín, Luis María, José Manuel, Matilde, Helena, Gustavo, Enrique, Elisa, Guillermo, José Vicente, Liboria, Lorenzo, Roberto Vicente, Santiago, Felipe, Federico, Nicolás, Luis y Elena Lleras Triana; siendo patriarca de la poderosa familia Lleras.

Su hermana Tadea se casó con el político Santiago Pérez Manosalva, hermano del escritor Felipe Pérez Manosalva, quien estaba casado con Susana Lleras, una de las sobrinas de José Jerónimo e hija mayor de su hermana Liboria y su cuñado Lorenzo Lleras.

De su cuñado Santiago y su hermana Tadea nació Amelia Pérez, quien se casó con el político Clímaco Calderón.