Tras la derrota de Bustos ante José María Paz, se radicó con su hermano Francisco en Santa Fe.

Allí, bajo la protección de Estanislao López, lo acompañó en la campaña contra Paz.

El 25 de octubre de ese año, José Antonio Reynafé es autorizado por la Legislatura para comunicar a las provincias del litoral la resolución para juzgar al general Paz, quien se hallaba prisionero.

Durante este interinato, no efectuó mayores acciones gubernativas, más allá de los asuntos administrativos.

Ese año, los Reynafé son acusados por el asesinato de Facundo Quiroga.