Adhirió a la filial de la Logia Lautaro que había formado en Tucumán José Moldes.Residía en Buenos Aires en 1810, y apoyó con entusiasmo a la Revolución de Mayo.El Libertador apreció su patriotismo y decidió retenerlo a su lado: lo nombró director de polvorín y lo envió luego en misión confidencial a Buenos Aires, ante el Director Supremo Juan Martín de Pueyrredón.Lo que San Martín quería, en realidad, era que la gran memoria visual de Álvarez Condarco retuviera los accidentes de la cordillera, para marcar luego el camino del ejército.Retornó a Chile una vez lograda la independencia y vivió allí enseñando matemáticas.