Más tarde sirvió en la Armada española, llegando al rango de almirante.
En el segundo intento, con dos buques, fue desarbolado de nuevo y regresó a Montevideo.
Después de la paz con Inglaterra, Pizarro dejó la fragata en el Pacífico y regresó por tierra a Montevideo, donde encontró a su buque insignia, el Asia, reparado.
En 1749, fue nombrado virrey y capitán general de la Nueva Granada.
Esta última obra fue completada por su sucesor, José Solís Folch de Cardona.