Sus estudios en la carrera de Derecho los culminaría en Costa Rica, debido a otra persecución política en su contra.

En 1913 durante el gobierno del Doctor Francisco Bertrand Barahona, Zúñiga tuvo nuevamente que salir por segunda vez del país, con destino a Costa Rica, producto de un artículo que publicó en el diario “El Cronista”, titulado “Somos ciudadanos o somos esclavos”.

Al regresar a Honduras en 1918, el ambiente estaba caldeado, los liberales solicitaban ir a las urnas, Bertrand Barahona después de la muerte de Bonilla, se había afianzado en el poder y al año siguiente 1919, estalló la Revolución del 19, en donde el pueblo hondureño se lanzase en batallas fratricidas a lo largo y ancho del territorio.

La ciudad capital estaba bajo su orden cuando fue sitiada por los rebeldes en la Guerra civil de 1924, cuando Rafael López Gutiérrez se declaró dictador de Honduras; gracias a su empeño y destreza logró resistir frente a los embates comandados por Tiburcio Carías Andino, Vicente Tosta Carrasco, Gregorio Ferrera y Martínez Fúnez; caído el régimen Zúñiga Huete volvió a emigrar a El Salvador, en Honduras se instaló el general Vicente Tosta Carrasco como presidente y la democracia volvió al país.

[6]​[7]​ El escrutinio final de las elecciones generales reflejaba la derrota para el Partido Liberal y al haber solicitado un recuento, manipulación y posible fraude, Zúñiga Huete volvió a salir de Honduras en 1932, esta vez con rumbo a México, donde estuvo durante los 16 años del gobierno del presidente Carías.

Durante su estadía en México, Zúñiga Huete recopiló importante información sobre la vida y obra del general Francisco Morazán, a quien dedicó su obra “Morazán: un representativo de la democracia americana” y publicó en Ciudad de México en 1947.

Conocido como el “León del Liberalismo” José Ángel Zúñiga Huete, no pudo administrar a una Honduras, que tenía la historia ya escrita, sus ideas, filosofía, valor y tenacidad, le valieron en la vida para llevar el merecido mote, siempre defensor del pueblo y de un fulgurante liberalismo.